Τα σπήλαια των Κυθήρων είναι ξεχωριστά, για το μέγεθος του νησιού και αποτελούν έναν από τους σημαντικότερους πόλους έλξης εναλλακτικού τουρισμού στο νησί, προσφέροντας μία ευχάριστη εμπειρία, καθώς και ένα διάλειμμα από τη συνηθισμένη μορφή διακοπών στο νησί.
Υπάρχουν τρία σπήλαια στα Κύθηρα. Το σημαντικότερο από αυτά είναι το Σπήλαιο της Αγίας Σοφίας Μυλοποτάμου. Έχει μήκος 100 μέτρα και εξερευνήθηκε για πρώτη φορά το 1955, ενώ χαρτογραφήθηκε πολύ αργότερα. Βρίσκεται στη δυτική πλευρά του νησιού, έξω από το χωριό «Μυλοπόταμος», με τον οποίο συνδέεται μέσω ασφαλτοστρωμένου δρόμου που διέρχεται από το Κάστρο της Κάτω Χώρας.
Το σπήλαιο βρίσκεται σε μία επιβλητική θέση με καταπληκτική θέα, πάνω σε απόκρημνα βράχια και σε ύψος 50 μέτρα από την επιφάνεια της θάλασσας. Η πρόσβαση είναι εύκολη για τον επίδοξο επισκέπτη, ενώ κατά τους καλοκαιρινούς μήνες γίνονται ξεναγήσεις καθ' όλη τη διάρκεια της ημέρας, με ιδιαίτερη αναφορά στο ιστορικό εξερεύνησης του σπηλαίου, στα πολιτιστικά του στοιχεία, στα είδη των πετρωμάτων και των διαμορφώσεών του αλλά και στο φυσικό του περιβάλλον.
Ένα από τα σημαντικότερα στοιχεία του σπηλαίου είναι ο ναός της Αγίας Σοφίας που βρίσκεται στον προθάλαμό του και στον οποίο διακρίνεται το τέμπλο με τις αγιογραφίες του 18ου αιώνα. Προχωρώντας προς το εσωτερικό του, διακρίνονται οι διαδοχικές αίθουσες με τους στύλους, τους σταλακτίτες και τους σταλαγμίτες, που δομούν έναν ποικιλόχρωμο διάκοσμο με κυριαρχούσες αποχρώσεις του κόκκινου, του άσπρου και του μαύρου. Μάλιστα, αν είστε τυχεροί, μπορείτε να δείτε το ενδημικό είδος του αρθρόποδου Kithironiscus paragamiani, που δεν έχει βρεθεί σε κανένα άλλο μέρος του κόσμου μέχρι σήμερα.
Λόγω της χαμηλής θερμοκρασίας (περίπου 16°C τον Ιούλιο) και της υψηλής υγρασίας (73%), προτείνεται οι επισκέπτες να κρατάνε μαζί τους ζακέτα, ώστε να αποφύγουν κάποιο ανεπιθύμητο κρύωμα εν μέσω καλοκαιρινών διακοπών.
Τα άλλα δύο Σπήλαια των Κυθήρων είναι το Σπήλαιο της Αγίας Σοφίας Καλάμου, το οποίο βρίσκεται νότια, στο δρόμο του Καψαλίου προς τον Κάλαμο, στρίβοντας για το χωριό Σπηλιές και το Σπήλαιο Χουστή, που βρίσκεται στο Διακόφτι, στα ανατολικά του νησιού.
Το Σπήλαιο της Αγίας Σοφίας Καλάμου βρίσκεται σε μία μικρή σπηλιά, όπου μέσα της είναι κτισμένο το εκκλησάκι της Αγίας Σοφίας. Η επίσκεψη στο σπήλαιο έχει να προσφέρει παράλληλα και μία πολύ όμορφη διαδρομή, καθώς βρίσκεται μέσα σε μία καταπράσινη ρεματιά, με αρκετό νερό, ιδιαίτερα κατά τη διάρκεια του χειμώνα.
Τέλος, το Σπήλαιο Χουστή, το οποίο παλαιότερα λειτουργούσε και ως ιερό, έχει σημαντική ιστορική σημασία, καθώς σε πρόσφατες ανασκαφές βρέθηκαν ευρήματα που χρονολογήθηκαν στο 3800 π.Χ., καθώς και άλλα, κλασσικά ρωμαϊκά και μεταγενέστερα. Η είσοδός του είναι λαξευμένη μέσα στην πέτρα και οδηγεί στο σπήλαιο από την οροφή προς τα κάτω με διαδοχικά σκαλιά.