Το θρησκευτικό συναίσθημα είναι ριζωμένο βαθιά στους κατοίκους των Κυθήρων. Οι περίπου 350 εκκλησίες και ξωκλήσια και τα ιστορικά Μοναστήρια του νησιού στέκονται εδώ και αιώνες ακοίμητοι φύλακες της πίστης και της παράδοσης.
Αναμφίβολα, το σημαντικότερο προσκύνημα των Κυθήρων και σημείο αναφοράς των απανταχού Κυθηρίων είναι η Ιερά Μονή Παναγίας Μυρτιδιώτισσας όπου φυλάσσεται και το ιερότερο κειμήλιο του νησιού: η θαυματουργή εικόνα της Παναγίας, πιθανόν ένα από τα έργα του Ευαγγελιστή Λουκά, που βρέθηκε στα Κύθηρα με θαυματουργικό τρόπο τον 16ο αιώνα (κατά μία άλλη παράδοση τον 11ο). Το Μοναστήρι πανηγυρίζει στις 15 Αυγούστου (Κοίμηση της Θεοτόκου) και στις 24 Σεπτεμβρίου, ανάμνηση του γεγονότος της εύρεσης της εικόνας της Παναγίας και τους θαύματος της ιάσεως του παραλύτου, όπου πλήθος κόσμου συγκεντρώνεται απ' όλη την Ελλάδα και τη διασπορά. Επίσης αξίζει να βρεθείτε στα Κύθηρα την Κυριακή της Ορθοδοξίας για να παρακολουθήσετε το σημαντικότερο θρησκευτικό έθιμο του νησιού: τη «Γύρα της Παναγίας». Δεκάδες πιστοί μεταφέρουν πεζοί την εικόνα της Μυρτιδιώτισσας από το Μοναστήρι έως τη Χώρα (16χλμ), όπου παραμένει 40 ημέρες. Τη Δευτέρα του Πάσχα, η εικόνα μεταφέρεται σε όλα τα χωριά των Κυθήρων και εισέρχεται σε κάθε Ναό που συναντά στο δρόμο, για να καταλήξει ξανά στο Μοναστήρι την Κυριακή των Μυροφόρων.
Το Προσκύνημα της Αγίας Ελέσας, η οποία μαρτύρησε στα Κύθηρα το 375 μ.Χ. βρίσκεται σε ένα από τα υψηλότερα σημεία του νησιού. Η θέα από εκεί είναι μαγευτική. Το Προσκύνημα εορτάζει την 1η Αυγούστου, ημέρα μαρτυρίου της Αγίας.
Η Ιερά Μονή του Οσίου Θεοδώρου βρίσκεται λίγο έξω από τον Ποταμό, στο μέρος όπου ο Όσιος Θεόδωρος ασκήτεψε περί το 900μ.Χ., προερχόμενος από την Κορώνη της Μεσσηνίας. Στη Μονή φυλάσσεται η Τιμία Κάρα του Οσίου. Η Μονή πανηγυρίζει στις 12 Μαΐου, ημέρα της κοίμησης του Οσίου
Το Μοναστήρι της Αγία Μόνης βρίσκεται στο βουνό πάνω από το λιμάνι του Διακοφτίου και είναι αφιερωμένο στην Παναγία και τη Μεταμόρφωση του Χριστού. Εορτάζει στις 6 Αυγούστου.
Στα Αντικύθηρα βρίσκεται το Προσκύνημα του Αγίου Μύρωνος, πολιούχου του νησιού. Στο Ναό φυλάσσεται το ιερότερο κειμήλιο του νησιού: η εικόνα του Αγίου, που βρέθηκε στα Αντικύθηρα όταν το νησί ήταν έρημο (1423-1782). Πανηγυρίζει με πατροπαράδοτο κρητικό γλέντι στις 16 & 17 Αυγούστου, όπου πλήθος κόσμου συγκεντρώνεται.
Στο Καψάλι βρίσκεται το Προσκύνημα του Αγίου Ιωάννου εν κρημνώ. Πρόκειται για μια εκκλησία-σπήλαιο, όπου σύμφωνα με την παράδοση ο Ευαγγελιστής Ιωάννης διέμεινε μέχρι τη στιγμή που αναχώρησε για την Πάτμο για να γράψει την Αποκάλυψη.
Τέλος, μπορείτε να ζητήσετε να επισκεφθείτε κάποιες από τις Βυζαντινές και Μεταβυζαντινές εκκλησίες, που βρίσκονται διάσπαρτες σε όλο το νησί. Πολλές από αυτές είναι διακοσμημένες με απαράμιλλης τέχνης τοιχογραφίες και φορητές εικόνες.