Το Ιστορικό Αρχείο Κυθήρων στεγάζεται στο διοικητήριο του κάστρου της Χώρας. Μετά από το ιστορικό αρχείο της Κέρκυρας αποτελεί το σημαντικότερο και εκτενέστερο ιστορικό αρχείο ολόκληρης της Ελλάδας, το οποίο και σώζεται σε καλή κατάσταση!

Το υλικό του αρχείου καλύπτει την περίοδο από το 16ο μέχρι τις αρχές του 20ού αιώνα. Χωρίζεται σε παλαιοτέρα τμήματα, από την περίοδο της Ενετοκρατίας, και σε νεότερα, από την περίοδο της Αγγλοκρατίας. Περιλαμβάνει νοταριακά έγγραφα, διαθήκες, βενετικά επίσημα έγγραφα, απογραφές πληθυσμού, έγγραφα ληξιαρχικά, δικαστικά, εκκλησιαστικά. Το νοταριακό αρχείο των Κυθήρων περιλαμβάνει τα πρωτόκολλα 128 νοταρίων από το 1563 ως το 1914. Σημαντικά έγγραφα του αρχείου αφορούν στις σχέσεις Κυθήρων και Κρήτης κατά το 17ο-18ο αιώνα. Επίσης άλλη ομάδα έγγραφων αφορά στις σχέσεις Μονεμβασιάς και Κυθήρων.

Τους καλοκαιρινούς μήνες πολλοί επισκέπτες, από το εξωτερικό και κυρίως απόδημοι από την Αυστραλία, επισκέπτονται το Ιστορικό Αρχείο για να ανακαλύψουν το γενεαλογικό τους δένδρο, από που προέρχεται το όνομά τους, έγγραφα που έχουν σχέση με περιουσίες τους κτλ.